تحدث مقاومة مضادات الميكروبات عندما تطرأ على الكائنات المجهرية، مثل البكتيريا والفيروسات والفطريات والطفيليات، طفرات تؤدي إلى إبطال نجاعة الأدوية المستخدمة لعلاج العداوى التي تسبّبها. وعندما تصبح الكائنات المجهرية مقاومة لمعظم مضادات الميكروبات يُشار إليها، في غالب الأحيان، بمصطلح "الجراثيم الخارقة". وتلك الظاهرة تثير قلقاً كبيراً لأنّ العدوى المقاومة قد تودي بحياة المصاب بها ويمكنها الانتقال إلى أناس آخرين وفرض تكاليف باهظة على الأفراد والمجتمع.
مقاومة مضادات الميكروبات عبارة عن مصطلح أوسع نطاقاً للمقاومة التي تبديها مختلف أنواع الكائنات الحية الدقيقة، وهو يشمل مقاومة الأدوية المضادة للبكتيريا وتلك المضادة للفيروسات والطفيليات والفطريات.
وممّا يسهم في ظهور مقاومة مضادات الميكروبات استخدام الأدوية بطريقة غير مناسبة، ويُلاحظ ذلك، مثلاً، لدى أخذ جرعات ناقصة أو عدم إنهاء المقرّر العلاجي الموصوف. ومن الأمور الأخرى التي تسهم أيضاً في نشوء ظاهرة مقاومة الأدوية وانتشارها تدني نوعية الأدوية وإصدار وصفات خاطئة وعدم الوقاية من العدوى ومكافحتها بالطرق الملائمة. كما يحول نقص الالتزام الحكومي بالتصدي لتلك المسائل، فضلاً عن تدني مستوى الترصد وتضاؤل وسائل التشخيص والعلاج والوقاية، دون مكافحة تلك الظاهرة.